三代測序之動植物基因組 de novo 測序

2016-05-20    編輯:諾禾致源

動植物基因組 de novo 測序

產品優勢

? 能對高重復序列、轉座子區域與高度變異區等基因組的復雜區域進行高水平組裝

? Contig N50 和 Scaffold N50 長度更長,組裝結果更完整準確

? 以多種組裝策略有效應對復雜基因組組裝,結合多組學聯合分析,深入挖掘物種生物學亮點

研究方案

基因組特征 組裝策略 測序策略 承諾指標 交付周期
有參物種 三代補洞 三代(10×) Contig N50 提升一倍

測序及組裝周期,根據總數據量規模而定

簡單基因組 二代加三代
混合拼接
二代(100×)+
三代(20×)
Contig N50≥100Kb,
Scaffold N50≥1Mb
Scaffold N50 ≥4Mb
(鳥和哺乳動物)
復雜基因組 二代(200×)+
三代(20×)
Contig N50≥60Kb,
Scaffold N50≥500Kb
簡單基因組 全三代拼接 三代(70×) Contig N50≥1Mb
復雜基因組 三代(70×) Contig N50≥200Kb

研究案例

大猩猩基因組(Science, 2016)

測序策略

72× PacBio 數據構建 Contig;

結合 BAC-end 和 Fosmid-end 數據構建Scaffold

組裝結果(如圖2)

總長:3.1Gb;Contig N50: 9.6Mb;

Scaffold N50: 23.1Mb

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復活草基因組(Nature, 2015)

測序策略

72× PacBio 數據構建 Contig;

結合220×的 BioNano 光學圖譜數據構建 Scaffold

組裝結果(如圖3)

總長:244Mb;Contig N50: 2.4Mb;

Scaffold N50: 7.1Mb

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圖2 大猩猩基因組組裝

圖3 復活草基因組復雜區域組裝

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