三代測序之微生物基因組 de novo 測序

2016-05-20    編輯:諾禾致源

微生物基因組 de novo 測序

產品優勢

? 單分子,長序列,完美跨越細菌全部重復單元

? 真菌 20Kb 文庫,70× 數據組裝,組裝效果直達準染色體級別

? 個體比較加進化分析,多角度挖掘基因組編碼內涵

? 多樣化的專業后續分析方案,一步到位直奔研究目標

研究方案

基因組特征 組裝策略 測序策略 承諾指標 交付周期
細菌完成圖 全三代數據組裝 50× 以上三代數據 1 Scaffold,0 Gap 60個自然日
真菌精細圖 二代 Survey +
三代數據組裝
70× 三代數據 +
20× 二代數據
Contig N50≥1Mb(簡單真菌)
Contig N50≥500Kb(復雜真菌)
75個自然日

研究案例

單分子實時測序技術繪制結核分枝桿菌復合群甲基化圖譜

結核分枝桿菌復合群(MTBC)引起的肺結核是遺留的最常見的感染性疾病之一。作者利用單分子實時測序技術完成了來自 MTBC 不同譜系12個菌株的基因組測序和甲基化位點解析(如圖4)。

圖4 三代修飾圖在細菌基因組中的應用

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甘蔗鞭黑粉菌完成圖及其與甘蔗的互作轉錄組

甘蔗鞭黑粉菌是甘蔗的一種常見真菌病原體,作者使用 PacBio 測序平臺對菌株進行測序,組裝至59條 Contig 的準染色體級別,并基于近緣參考基因組構建了菌株的染色體序列(如圖5)。

圖5 三代真菌準染色體組裝案例

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