轉錄組測序揭示碧桃堅硬表型性狀的候選基因

2015-12-17    編輯:諾禾致源
RNA 測序:揭示碧桃堅硬表型性狀的候選基因

研究背景

在桃子果肉成熟后期階段,乙烯的生物合成將導致果實軟化,而高濃度的3-吲哚乙酸(IAA)對于乙烯的合成至關重要。硬桃品種的果實是不軟化的,由于 IAA 濃度較低,所以產生乙烯量少。本研究利用數字基因表達譜分析桃子軟化的分子機制。

方法流程

樣品取材

正常軟化品種與硬桃品種
S3, S4 I, S4 II 和 S4 III 四個生長階段

 
文庫類型

cDNA 文庫

測序策略

Illumina HiSeq 2000 PE100

 
主要分析

基因表達水平分析
基因差異表達分析

 

研究結果

1、所有文庫的 reads 比對參考基因組后,發現28,702個基因。其中,
與植物生長素相關的基因有51個(圖1)。

植物生長素相關基因聚類分析

圖1   植物生長素相關基因聚類分析

2、與植物生長素相關的51個基因中,有34個基因至少在一個樣本中表達水平顯著(圖2)。

PpYUC11 表達、IAA 累積、PPACS1 表達、乙烯合成與果實成熟的關系

圖2   PpYUC11 表達、IAA 累積、PPACS1 表達、
乙烯合成與果實成熟的關系

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