轉錄組測序解析 TDCPP 對四膜蟲生長繁殖的抑制作用

2015-12-18    編輯:諾禾致源
轉錄組測序:解析TDCPP對四膜蟲生長繁殖的抑制作用

研究背景

伴隨現代化工產業進步,環境中高分子有機化合物殘存日趨嚴重,磷酸三(2,3-二氯丙基)酯(TDCPP)作為阻燃劑,常能夠在水體、土壤等自然環境中檢出,生物體與TDCPP接觸在所難免。其對脊椎動物的毒性已有報道,但在低等生物中的影響尚待研究。

方法流程

樣品取材

1μM濃度TDCPP處理5天的作
為處理組;0μM濃度下為對照組

 
文庫類型 Trizol提取總RNA
測序策略 IIllumina HiSeq 2000 PE120  
主要分析

表達水平分析
差異基因分析
KEGG富集分析

 

研究結果

1、100、1,000、10,000μM濃度TDCPP處理8小時可顯著減少細胞內相關生物量;0.01、0.1、1μM濃度TDCPP處理1天對細胞內生物量無顯著影響;1μM處理3天及0.1、1μM處理5天,細胞內的生物量顯著減少。
2、RNA-seq分析發現TDCPP處理組與對照組有409個差異基因,其中72個差異基因表達上調,337個差異基因表達下調。KEGG通路分析表明,富集最顯著的是核糖體通路相關基因,該通路中有21個核糖體蛋白基因顯著下調(圖1)。

顯著富集的KEGG通路

圖1   顯著富集的KEGG通路

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