16S 測序研究與獺兔便型及體重相關的細菌群落

2015-12-18    編輯:諾禾致源
研究與獺兔便型及體重相關的細菌群落

研究背景

獺兔是一種小型食草類哺乳動物,因其皮毛及肉產品的實用價值而被廣泛飼養。獺兔有兩種便型:硬型和軟型。已有研究表明硬糞和軟糞包含的營養物質存在差異,然而,對于其中微生物群落組成還知之甚少。腸道微生物在維持哺乳動物機體健康方面具有重要作用。已有研究表明,腸道微生物同宿主關鍵功能關系密切,例如肥胖、腸道免疫成熟、營養限制等。因此,我們推測腸道微生物因便型的不同而存在差異,且與獺兔的生長有關。研究目的包括:I.展現并比較獺兔硬糞和軟糞中的微生物群落 II.鑒定與獺兔生長有關的細菌物種。

方法流程

樣品取材

選取不同雌兔同日產下的80只幼崽,并
區分硬糞和軟糞類型,每個類型基于70
天和90天的體重選取輕重各10只兔子,
取第90天的糞便進行后續研究

 
文庫類型 PowerFecal TM DNA isolation kit
測序策略 Illumina MiSeq 16S V4區  
主要分析

OTU聚類和分析
α-多樣性分析
β-多樣性分析
LEfSe分析

 

研究結果

1、獺兔硬糞個體菌群在高低體重組間差異顯著,而軟糞個體菌群在高低體重組間差異卻不顯著, 這一發現刷新了人們對獺兔后腸菌群和體重關系的認識(圖1)。

2、在硬糞個體中高體重獺兔與低體重獺兔的微生物群落組成有差異,然而在軟糞個體中未表現出體重相關的差異。Ruminococcaceae Akkermansia spp.在軟糞個體中為優勢物種。

3、LEfSe分析尋找顯著性差異物種,獺兔硬糞個體顯著性差異物種較軟糞個體中多。

不同土樣中微生物群落及基因豐度

圖1   不同土樣中微生物群落及基因豐度(取log值)

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