比較轉錄組揭示野生苧麻向栽培苧麻進化機制

2016-08-20    編輯:諾禾致源
中國農業科學院麻類研究所劉頭明博士團隊在苧麻的馴化起源研究方面取得重要進展,該研究的轉錄組測序與基本數據分析由諾禾致源轉錄調控團隊負責完成,揭示苧麻在自然環境和人工選擇作用下的馴化機制。該研究的相關結果于6月17日發表在國際知名植物學期刊《Plant Molecular Biology》上,題為“Transcriptome comparison reveals the patterns of selection in domesticated and wild ramie(Boehmeria nivea L. Gaud)”。
苧麻起源于中國

苧麻起源于中國,是我國特有的一種重要的古老天然纖維作物,其種植面積和產量占全世界90%以上。已有研究表明栽培種苧麻極有可能由野生種青葉苧麻馴化而來,但對這種纖維作物的馴化機制所知甚少。
栽培苧麻和野生苧麻直系同源基因的Ka/Ks分析
栽培苧麻和野生苧麻直系同源基因的Ka/Ks分析
 
本研究對野生種青葉苧麻和栽培種苧麻分別進行轉錄組測序,利用Trinity軟件進行組裝和拼接,對得到的unigenes進行7個數據庫注釋并預測CDS。利用BBH方法尋找到10,745個直系同源基因,并進行Ka/Ks分析以及功能注釋,其中85個直系同源基因受到顯著的純化選擇效應,13個直系同源基因受到顯著的正向選擇效應,并且發現大部分受選擇的基因可能與植物的抗病或者抗逆境有關,推測生物和非生物脅迫在苧麻的馴化過程中可能起著非常重要的作用;另外,兩個受正向選擇的基因與苧麻的纖維產量相關,主要是人工選擇導致的。通過這些結果證實了野生種苧麻向栽培種進化是在自然環境和人工選擇的雙重選擇壓力下進行的。
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