細菌基因組測序

結果展示

質量控制

1. 組裝前質控

三代測序最基本的優勢特征,是其獨特的測序讀長,因此足夠長的測序讀長,是保證三代測序組裝質量的基礎。平均10K以上的測序讀長,可以解決絕大部分重復序列,保證了細菌基因組完成圖的質量。

2、組裝后質控

基因組覆蓋的均勻性,也是組裝質量的重要指標,測序覆蓋越均勻,每個單堿基的重復次數越好,最終結果的準確性也就越高。以三代測序為例,全基因組范圍測序數據覆蓋是較為均勻的(見下圖)。

基因組結構注釋

基因組結構注釋的結果,通過一系列軟件算法,解密基因組結構信息,如編碼基因(ORF)、非編碼RNA、重復序列、基因島等基因組基本結構,都是通過基因組結構注釋獲得的。特別是編碼基因的預測,得到了基因組中功能基因編碼信息,是后續基因功能注釋和致病性研究的基礎。

基因功能注釋

通過一系列基本功能數據庫的注釋,
可獲得編碼基因在不同數據庫中的同源信息,以解釋編碼基因在細菌生理鐘的功能。
以KEGG、GO、COG為例,可以在將基因的功能歸屬到豐富的功能分類中去。

基因組結構總覽(限精細圖/完成圖)

用于展示全基因組范圍的基因分布、KEGG、GO、COG等基本基因功能分布、ncRNA分布、
基因組GC含量及GC-skew值分布,可以提供基因組整體信息的總覽和概括。

全基因組修飾圖(僅完成圖提供)

使用PacBio三代測序的數據中,可以根據堿基讀取的脈沖信息獲得基因組上的堿基修飾信息。
我們的三代完成圖可以對這些信息進行收集整理,獲得全基因組甲基化修飾情況。

一對一比較基因組研究

通過軟件比對分析,可以解析目標基因組和參考基因組之間的共線性關系,并進而檢測基因組間的變異。

基因組進化分析

基于多個基因組間的單拷貝基因信息,可以構建菌株間的系統進化樹,用于解析菌株之間的進化關系。

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