真核有參轉錄組測序

經典案例

PpYUC11,是碧桃具有堅硬表型性狀強有力的候選基因,
并在果實成熟過程中參與IAA的生物合成

PpYUC11, a strong candidate gene for the stony hard
phenotype in peach (Prunus persica L. Batsch), participates
in IAA biosynthesis during fruit ripenings

期刊:Journal of Experimental Botany
影響因子:5.526
發表單位:中國農業科學院、鄭州果樹研究所、水果育種技術重點實驗室、諾禾致源
發表年份:2015年7月

一、研究背景

在桃子果肉成熟后期階段,乙烯的生物合成將導致果實軟化。而高濃度的3-吲哚乙酸(IAA)對于乙烯的合成至關重要。

二、方法流程

取材

分別取S3,S4 I,S4 II和S4 III四個階段,正常軟化品種Goldhoney 3與硬桃品種Yumyeong的果皮。

建庫

oldhoney 3和Yumyeong兩個品種,四個時期(S3,S4I,S4 II,S4 III),共構建8個普通轉錄組文庫。

測序

Illumina Hiseq 2000
PE100

分析

約8 M clean reads/樣本

三、研究結果

1. 與植物生長素相關基因分析

所有文庫的reads比對參考基因組后,發現28,702個基因。其中,與植物生長素體內穩態相關的基因有51個。

2. 基因表達水平分析

與植物生長素體內穩態相關的51個基因中,有34個基因至少在一個樣本中表達水平顯著。

3. 與果實成熟相關基因

PpYUC11表達、IAA累積、PPACS1表達、乙烯合成在桃子成熟過程中的變化表明,PpYUC11在果實成熟階段調節IAA的含量。

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四、研究結論

利用DGE(數字基因表達譜)分析果實成熟階段生長素體內穩態相關基因的表達情況,揭示了其與ACC合成基因PpYUC11表達模式相似。PpYUC11的表達模式、功能預測及組織分布結果指出,其可能是調節桃子軟硬這一表型的候選基因。

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