微生物基因組重測序

結果展示

測序及比對質控

基因組覆蓋的均勻性,也是組裝質量的重要指標,測序覆蓋越均勻,每個單堿基的重復次數越好,最終結果的準確性也就越高。對測序質量和比對結果進行質控,保證前期結果的準確性。

變異檢測

異檢測,包含了SNP,InDel及SV等,主要是在全基因組水平上檢測和分析這些變異,
通過圖片形式,可可視化展示菌株中的變異信息。

系統進化分析

構建菌株進化樹,在全基因組水平上評估物種間進化關系;探討整體進化地位和物種起源問題,解析菌株之間的進化歷史。

分歧時間估計

根據菌株間的變異速率信息和年代做線性回歸,可預估菌株分支之間的分歧時間,推測菌株分化的歷史規律。

地理傳播規律

基于菌株間的進化分析結果,結合其采集的地理信息情況,構建菌株間的地理傳播,分析其傳播規律。

選擇壓力分析

Ka/Ks是一個重要的指標,可以顯示個別基因在菌株間所受到的選擇壓力。通過Ka/Ks值進行篩選,可以得到菌株間正選擇和負選擇的候選基因集合。

變異基因富集

通過統計分析計算變異基因在不同功能分類的富集情況,
可以找到富集的差異基因,尋找不同樣品的差異基因可能與哪些基因功能的改變相關,
通常在菌株間存在較大的適應性變化。

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