真菌de novo 測序

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結果展示

基因組Survey

真菌精細圖正式測序組裝之前,需要進行一個Survey 步驟,以獲得基因組大小、復雜程度的基本信息。

數據質控

1. 組裝前質控

三代測序最基本的優勢特征,是其獨特的測序讀長,因此足夠長的測序讀長,是保證三代測序組裝質量的基礎。平均10 Kb以上的測序讀長,可以解決絕大部分重復序列,保證了真菌基因組精細圖的質量。

2、組裝后質控

基因組覆蓋的均勻性,也是組裝質量的重要指標,測序覆蓋越均勻,每個單堿基的重復次數越好,最終結果的準確性也就越高。以三代測序為例,全基因組范圍測序數據覆蓋是較為均勻的(見下圖)。

基因組結構注釋

真菌基因結構較為復雜,為保證最終注釋結果的準確性,我們結合了三種不同的軟件方法進行基因預測,并對結果進行整合,以獲得盡可能可靠的基因結構信息。

基因功能注釋

通過一系列基本功能數據庫的注釋,
可以獲得編碼基因在不同數據庫中的同源信息,以解釋編碼基因在真菌生理中的功能。
以GO為例,可以在將基因的功能歸屬到豐富的功能分類中去。

基因家族構建

基于多個樣品間基因序列間的相似度,使用MCL算法進行聚類,可以獲得樣品間的同源基因家族信息。

基因組進化分析

基于多個基因組間的基因家族單拷貝基因信息,可以構建菌株間的系統進化樹,用于解析菌株之間的進化關系。

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