醫學轉錄組測序

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數據質控

測序得到的原始測序序列(Sequenced Reads)或者 raw reads,里面含有帶接頭的、低質量的reads,為了保證信息分析質量,必須對raw reads過濾,得到clean reads,后續分析都基于clean reads。在測序過程中會存在一定的錯誤率,測序錯誤率分布檢查可以反映測序數據的質量。

參考序列比對

將比對到基因組上的reads分布情況進行統計,定位區域分為Exon(外顯子)、
Intron(內含子)和Intergenic(基因間區)。reads與參考基因組比對率,
指比對到參考基因組上的reads數目除以有效測序數據的reads數據,可反映樣本的基因組拼接注釋水平。

基因表達水平分析

一個基因表達水平的直接體現就是其轉錄本的豐度情況,轉錄本豐度越高,則基因表達水平越高。我們通過所有基因的FPKM密度圖以及小提琴圖對不同實驗條件下的基因表達水平進行比較,可以直觀的獲得不同實驗條件下基因表達水平的情況。

差異基因表達分析

用火山圖可以直觀展示不同實驗條件下差異基因的分布情況,對于無生物學重復的實驗,為消除生物學變異,從差異倍數和顯著水平兩個方面進行評估,對差異基因進行篩選,閾值設定一般為: |log2 Fold Change)| >1且q value<0.005。對于有生物學重復的實驗,由于DESeq已經進行了生物學變異的消除,我們對差異基因篩選的標準一般為:padj<0.05。差異表達基因以火山圖、韋恩圖及聚類熱圖等豐富的形式展示樣本間差異基因表達的情況。

融合基因分析

融合基因可能會導致具有新的或不同功能的基因產物生成,這些異?;钚缘牡鞍踪|會發揮癌基因的作用。此外,某些原癌基因還可能與一個新的啟動子發生融合,從而激活下游癌基因的表達。

差異基因GO富集分析

差異基因GO富集柱狀圖,直觀的反映出在生物過程(biological process)、細胞組分(cellular component)
和分子功能(molecular function),富集的GOterm上差異基因的個數分布情況。
可挖掘差異基因的功能及所在的信號通路,縮小基因篩選的范圍。

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