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經典案例

m6A去甲基化酶ALKBH5通過維持FoxM1表達和細胞增殖過程,

從而保持膠質母細胞瘤干細胞樣細胞的致瘤性

m6A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining
FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program

期刊:Cancer cell
影響因子:27.406
發表單位:MD安德森癌癥中心
發表年份:2017年4月

一、研究背景

作者發現在膠質母細胞瘤干細胞樣細胞(GSCs)中RNA去甲基化酶ALKBH5表達增高可通過調控FOXM1,從而有助于自身更新及致瘤性。FOXM1反義lncRNA促進ALKBH5與FOXM1 RNA的相互作用,導致去甲基化作用及FOXM1的基因表達升高。

二、方法流程

取材

GSC11細胞系和GSC17細胞系

建庫

RNA樣品,進行meRIP

測序

Illumina HiSeq,SE50

分析

m6A的分布情況,motif分析,
m6A差異峰分布模式,與基因表
達水平關系分析。

三、研究結果

利用m6A-seq和基因芯片預測ALKBH5的下游靶標FOXM1

作者比較了control和shALKBH5 GSC中m6A的分布情況,在GSC11細胞系中 GGACU motif在m6A位點處高度富集。由于ALKBH5是去甲基化酶,這新出現的特異峰應該包含了ALKBH5的 真實靶標。隨后作者在全部峰和特異峰中研究了m6A的分布模式。當把RNA分為5’UTR、CDS、3’UTR、ncRNA時,發現了整體/共同m6A相似的分布模式。此外還研究了這些差異峰是否 與表達基因相關,找到與觀察現象相關、可改變增殖相關基因表達的候選基因。

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四、研究結論

ALKBH5通過使FOXM1前體mRNA 3’UTR去甲基化,從而使其與HUR結合,促進FOXM1前體mRNA表達,進而促進FOXM1表達,對GSC增殖和腫瘤形成過程產生重要影響。

參考文獻

Zhang S, Zhao BS, Zhou A, et al. m6A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program[J]. Cancer cell, 2017, 31(4):591-606.

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