全基因組甲基化測序

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結果展示

數據質控

嚴格的質控過程保證數據的質量

測序得到的原始測序序列raw reads,里面含有帶接頭的、低質量的reads。為了保證信息分析的可靠性,必須對raw reads過濾,得到clean reads,后續分析都是基于clean reads。數據處理的步驟如下:
1.截去低質量reads;
2.截去reads首尾質量低于3或者N(表示無法確定堿基信息)的reads;
3.截去接頭污染的reads;
4.舍棄修剪后短于36nt的reads;
5.舍棄不能形成paired的reads。

與參考基因組比對

嚴格的比對率、覆蓋深度、甲基化位點分析

比對率是指比對到參考基因組上的reads數目除以測序獲得的clean reads數,是測序獲得的有效數據。通過軟件比對,進行甲基化位點分析,獲得樣本中可靠的甲基化位點信息。

甲基化的分布

反應不同樣本的不同上下文環境中甲基化的水平

不同序列環境(CpG, CHH, CHG,其中H代表A、C、T)下甲基化位點比例,不同種類物種甲基化的主要環境不同,根據不同環境的甲基化情況判定測序的可信性。而不同樣本上的甲基化水平分布,反映了不同樣本之間甲基化水平的差異。

甲基化組比較分析

DMR分析

差異甲基化修飾位點(DMS)指在不同樣本之間,甲基化修飾水平具有顯著差異的胞嘧啶位點。
DMS可以在單堿基分辨率下反映樣本之間的甲基化修飾差異,是研究甲基化調控基因表達的基本單位。
差異甲基化修飾區域(Differentially Methylated Region,DMR)
指在不同樣本之間,甲基化修飾水平具有顯著差異的基因組區域,這些區域在基因表達調控方面發揮重要作用。
基于DMS進行DMR鑒定,DMR的鑒定是分正負鏈進行的。
利用DMR所在的基因組位置與基因組結構注釋信息,對其進行結構注釋。

DMR注釋結果列表

DMR id chromosome DMR start DMR end Gene id
DMR_DS496108_1408480 DMR_DS496108_1408480 1408480 1408750 CHLREDRAFT_101596
DMR_DS496119_539861 DMR_DS496119_539861 539861 540460 CHLREDRAFT_170025
DMR_DS496108_539824 DMR_DS496108_539824 5289824 5289334 CHLREDRAFT_49544
DMR_DS496133_1264863 DMR_DS496133_1264863 1264863 1265508 CHLREDRAFT_171688

相關基因富集分析

1. GO富集分析

Gene Ontology(GO)是基因功能國際標準分類體系。對相關基因做GO富集分析,可以挖掘DMR調控基因相關的生物學功能,細胞組成,生物學過程。

2. KEGG富集分析

在生物體內,不同基因相互協調行使其生物學功能,通過Pathway顯著性富集能確定相關基因參與的最主要生化代謝途徑和信號轉導途徑。

PCA分析

PCA(Principal Component Analysis)又稱為主成分分析,常用來強化數據集中的變異,從而發掘其中隱藏的規律。通過對多個樣本中基因的功能區不同context下甲基化水平進行PCA分析,以期發現不同處理,不同發育時期樣本間的甲基化水平變化規律,是基于多樣本(大于9)甲基化水平分析,解釋不同處理甲基化的變化規律。

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